Franz Schottky ist Chefdirigent und Künstlerischer Leiter der von ihm im Jahr 2000 gegründeten Münchner Kammerphilharmonie dacapo. Das Orchester hat sich mit einer eigenen Abo-Reihe im Herkulessaal der Münchner Residenz ein großes Stammpublikum von über 1000 Besuchern pro Konzert und damit einen festen Platz im reichhaltigen Musikleben der bayerischen Landeshauptstadt gesichert; auch überregional hat es sich zu einem gefragten Gastensemble entwickelt und gastierte bereits beim Internationalen Musikfestival von Český Krumlov und im Wiener Musikverein. Für Österreichs größtes Label Gramola hat Schottky mit seinem Orchester zusammen mit dem Geiger Thomas Albertus Irnberger bereits zwei CDs eingespielt: die erste Aufnahme mit Werken von Haydn wurde 2024 für den Preis der deutschen Schallplattenkritik nominiert, die zweite Aufnahme mit Werken von Chausson erscheint Ende 2026.

Franz Schottky wird regelmäßig von renommierten Orchestern weltweit eingeladen: bisher gastierte er u.a. beim Jerusalem Symphony Orchestra, dem Orchestra dell'Arena di Verona, dem Orchestra Sinfonica di Sanremo, dem Orchestra Sinfonica Siciliana, der Filarmonica Gioachino Rossini, dem Orchestra Sinfonica Metropolitana di Bari, dem Moravian Philharmonic Orchestra Olomouc, der Capella Cracoviensis, der Filarmonica Oltenia Craiova, dem Kazakh State Chamber Orchestra "Academy of Soloists" und dem Orquesta Sinfónica del Estado de México OSEM. Dabei dirigierte er u.a. im Wiener Musikverein, im Smetana-Saal in Prag, in der Henry Crown Hall in Jerusalem sowie im Münchner Gasteig.

Schottky widmet sich seit vielen Jahren intensiv dem sinfonischen Werk Anton Bruckners. Er leitete mehrere internationale Erstaufführungen u.a. in Astana, Kharkiv und Chișinău. In München brachte er mit seinem eigenen Orchester bereits die 3. und 4. Sinfonie zur Aufführung; 2024 debütierte er zudem beim Orquesta Juvenil Universitaria Eduardo Mata der UNAM in Mexiko-Stadt mit der 6. Sinfonie. Darüber hinaus gilt sein besonderes Interesse dem reichhaltigen Repertoire der sinfonischen Romantik, welches er mit der kontinuierlichen Einstudierung und Aufführung selten gespielter Werke pflegt.

Zahlreiche international gefragte Solisten wie Michael Korstick, Anna Tifu und Natalia Gutman schätzen Franz Schottky als besonders flexiblen und sensiblen Begleiter. Das hängt auch mit der besonderen Dirigiertechnik zusammen, die Schottky bei seinem Lehrer Sergiu Celibidache erlernte. Bereits als 20jähriger trat er 1991 in die Klasse des damaligen Münchner Generalmusikdirektors ein und gehörte bis zu dessen Tod 1996 zu dessen letzten und engsten Schülern. Bei ihm erlernte Schottky auch die Grundlagen seiner Musikphilosophie, der sogenannten Musikalischen Phänomenologie. Schottky gibt dieses Wissen als Gastdozent weiter, zuletzt an der Shanghai University und am Prager Konservatorium.

Im Jahr 2014 wurde Schottky erstmalig in die Jury des Verona International Piano Competition berufen, der er seitdem immer wieder angehört. Sein USA-Debüt gab er 2019 in Alexandria (Louisiana) mit der 2. Sinfonie von Johannes Brahms. 2024 kehrte er mit einem Brahms-Programm ans Pult des Orchestra dell'Arena di Verona zurück. 2026 hat er beim Hanoi Philharmonic Orchestra in Vietnam mit Tschaikowskys 4. Sinfonie debütiert, dabei eine Masterclass für Dirigenten an der Vietnam National Accademy of Music gegeben und wird Mitglied der Jury beim Internationalen Dirigierwettbewerb von Targu Mures sein.